За дванадцять років до початку основних подій серіалу демон Дев'ятихвостого Лиса (Кюбі) напав на Коноху (Селище Прихованого Листа), що знаходиться у країні Вогню. Монстр був настільки могутній, що міг руйнувати гори та створювати цунамі помахом хвоста. Але наймогутніший ніндзя селища — Четвертий Хокаґе — пожертвував власним життям і запечатав половину чакри демона у своєму новонародженому сині, Наруто Узумакі, а іншу - віддав на поглинання Богові Смерті. Четвертий Хокаґе, що вважався героєм, хотів, аби жителі Конохи вважали героєм і Наруто, який зберіг селище від знищення. Однак, жителі Конохи, почали ставитися до Наруто як до хлопця, який містить у собі руйнівну силу, яка здатна знищити селище. Тому вони почали ненавидіти та ігнорувати Наруто. І хоча наказ, даний Третім Хокаґе про заборону обговорювати Дев'ятихвостого Лиса не дозволяв людям відкрито говорити про це, все ж до Наруто відносилися негативно, ігнорували його. Діти, дотримуючись прикладу батьків, також ставилися до Наруто доволі холодно, відчуваючи, що він відрізняється від них. Тому Наруто вирішив стати Хокаґе, щоб люди визнали його, перестали ігнорували і почали поважати. Саме ця мета і рухає малим Наруто, який ріс самотньо, без батьків, друзів, розуміння і турботи. Але все змінилося, коли Наруто склав екзамени в Академію ніндзя. Тоді він вперше використав надзвичайно складну техніку — Джутсу тіньових клонів, захищаючи свого улюбленого вчителя — Іруку Уміно — від зрадника Мізукі, який намагався за допомогою Наруто викрасти Сувій печаток Хокаґе. З того часу в Наруто з'явилася людина, яка повірила в нього. Сам Ірука зробив Наруто ніндзя, після чого Наруто став на крок ближче до своєї мети. Найголовніший момент історії починається, коли Наруто стає ґеніном і вступає в команду № 7, що складається з нього, Саске Учіха — найталановитішого молодого випускника Академії, та Сакури Харуно — найкращого знавця теорії. Сенсеєм (вчителем) команди призначений Какаші Хатаке — один з найсильніших ніндзя Конохи. Наруто потрапив у цю команду через те, що, на противагу найкращим студентам, завжди був останнім серед студентів, і більше запам'ятався вчителям як хуліган-двієчник. У цій команді Наруто знаходить друзів, переживає найщасливіші моменти свого життя, надзвичайно прогресує як ніндзя, а також вперше відчуває гіркоту втрати найкращого друга. Згодом, окрім головних героїв, на перший план виходить і решта персонажів. Всі вони так чи інакше пов'язані з Наруто, вони навчають його і самі вчаться у нього. Також є вороги, противники Наруто, які намагаються вбити молодих ніндзя і зашкодити Коносі. У наступних серіях описано екзамен для підвищення у званні до рівня чуніна. Там молодим ґенінам доводиться показувати командну роботу і ризикувати життям заради близьких людей. Під час цього турніру на Коноху нападає Орочімару — злочинець класу S. Він вбиває Третього Хокаґе, і завдає руйнації селищу. Згодом у серіалі з'являються нові супротивники — кримінальна організація «Акацукі», яка полює на всіх Хвостатих Демонів, один з яких є всередині Наруто. Через деякий час після вказаних подій Саске вирішив покинути Коноху, щоб отримати достатньо сили для помсти своєму брату Ітачі Учіха — вбивці його батьків. Наруто, який став найкращим другом Саске, вирушає зупинити його. Однак йому це не вдається. На сумній ноті розлуки і прощання з другом і закінчується манґа, однак далі серіал продовжує виходити у формі філерів, не орієнтуючись на манґу. Закінчується перша частина тим, що Наруто вирушає у подорож разом за своїм новим сенсеєм Джирайєю, аби набратися сили. Друга частина манги, що починається з 28 тому, де описуються події, що відбуваються через два з половиною роки після першої частини. Головному героєві вже 16 років. Після тренувань з Джираєю Наруто повертається до Селища Прихованого в Листі і возз'єднується з друзями, що вже вельми подорослішали. Першою звісткою для наруто є лихо, щог сталося у Селищі Прихованого Піску - його друга Ґаара, був викрадений злочинною організацією Акацукі та біджу з нього був вилучений. Ляльковод Сасорі (відступник з Селища Прихованого Піску) та Дейдара (терорист-підривник та відступник з Селища Прихованого Каменю) організовують це викрадення. Канкуро, брат Ґаари, намагається перешкодити цьому, але ледь не помирає після сутички з Сасорі. Команда Какаші разом з однією з старійшин Селища Прихованого Піску - бабусею Чіо, знаходять ворогів з Акацукі та вступають в бій з Дейдарою та Сасорі. З великими труднощами вони перемагають. Посмираючи, Сасорі повідомляє Сакурі, що один з людей орочимару є його шипуном і повідомляє Сакурі де ця зустріч відбудеться. Після повернення до Конохи команда № 7, що раніше складалася з Наруто, Саске і Сакури, переформовується. Тепер вона називається «Команда Какаши», а місце Саске в ній займає інший молодий ніндзя — Сай. Він є вельми неговірким, та є одним з довірених ніндзя одного з відгалужень АНБУ - "Кореня", доволі раворадикальної групи під головуванням старійшини на ім'я Шимура Данзо. Разом вони отримують важливу місію з захоплення шпигуна, про якого Сасорі розповів Сакурі. Сай же має власну таємну мету - вбити Учиху Саске. Вершті-решт, після численних сутичок з Кабуто та Орочимару, їм вдається знайти Саске, але той відмовляється повертається з ними назад до Конохи. Перш, ніж Ямато встагає організувати спільний напад, Орочимару, Кабуто та Саске тікають. Наруто вирішує опанувати складну техніку, яку не зміг розвинути навіть Четвертий Хокаґе, Мінато. Його вчитель розробляє для нього спеціальне тренування, з комбінації форми та природи чакри для створення нової техніки. Наруто посилено тренується, щоб стати сильнішим та повернути Саске. До них доходять чутки, що двоє інших членів Акацукі - Хідан та Какузу захоплюють Двоххвостого джинчюрікі - Юґіто Ні, а також вчиняють розбійний напад на храм на землях Вогню, щоб викрасти Чиріку - одного з найголовніших монахів-буддистів та колишнього члена Дванадцятки Елітних Оберегів. Злочинці перемагають у сутичці та один з вижилих монахів розповідає про напад Хокаґе. Місія з ліквідації злочинців, що складалася з Асуми, Шикамару, Ізумо та Котецу, а також декількох інших загонів, вирушає на пошуки напарників. Асума, Шикамару, Ізумо та Котецу, знаходять двійку та починається сутичка, яка призводить до смерті Асуми. Решту вберегло від смерті лише підкріплення, що прибуло в останню мить. Асума не витримує важких поранень та гине. Команда Асуми вирішує помститися за смерть свого сенсея та вирушає нва пошуки Хідана та Какузу разом з Хатаке Какаші. Після тривалої сутички Какузу гине від рук Наруто. який використав свою новоспечену Техніку Штормового Сюрікена, а хідан - безпосередній вбивця Асуми, був похований живцем під землею від руки Шикамару. Новим завданням для Конохи стає запечатування біджу - трьоххвостого, якого прагнуть захопити люди Орочимару. Наруто відтреновує свою сумісність з жабами та вирушає разом з Саєм, Сакурою та Ямато та підкріпленням з двох інших команд сівоїх однокласників для забезпечення охорони команди запечатування, яка повинна нейтралізувати загрозу потрапляння Трьоххвостого до рук Орочимару. Головними суперниками ніндзя Конохи стають кришталевий ніндзя Ґурен та хлопчик Юкімару, якого використовують як знаряддя для контролю звіра. Як послідовники Орочимару, так і ніндзя Конохи не отримують контроль на Трьоххвостим, тому його пізніше захоплюють члени переформатованої команди з Акацукі - Дейдара та новачок на ім'я Тобі. Провідну роль супротивників Наруто і його друзів займає організація Акацукі, члени якої прагнуть захопити всіх хвостатих демонів, включаючи Дев'ятихвостого, ув'язненого всередині Наруто. Тим часом Саске, вважаючи подальше навчання в Орочімару безглуздим, зраджує його і вбиває. Відшукавши свого старшого брата, щоб помститися за знищення свого клану, вступає з ним у бій, під час якого Ітачі несподівано падає замертво. Після цього лідер Акацукі, Тобі, повідомляє Саске правду про те, що вбивство клану було доручено Ітачі безпосередньо керівництвом Селища Прихованого листя. Розлючений цим відкриттям, Саске приєднується до Акацукі з метою знищити Коноху. Тим часом, за наказом Тобі члени Акацукі атакують селище Приховане в листі. Ціною великих зусиль жителям Конохи вдається відбити напад, проте саме селище виявляється практично повністю зруйноване. На раді Каґе — лідерів найбільших селищ ніндзя — Тобі заявляє, що збирає хвостатих демонів заради відтворення Десятихвостого Біджу і створення могутньої ілюзії, здатною контролювати людство. Коли керівники інших селищ відмовляються допомагати Тобі, він оголошує про початок Четвертої світової війни ніндзя. У відповідь на це п'ять найбільших країн створюють альянс, на чолі якого стає Райкаґе, і об'єднують армію шинобі, головнокомандувачем якої стає Кадзекаге Ґаара. За рішенням ради Наруто і Кіллера Бі, джінчурікі восьмихвостого, відправляють на острів-черепаху в Країні Блискавки, задля того, щоб уберегти їх від Акацукі. У цей момент розпочинаються і військові дії. На острові Кіллер Бі навчив Наруто контролювати свого Біджу — Дев'ятихвостого. Тобі викрадає у мертвого Нагато Ріннеган — одне з трьох великих додзюцу (додзюцу — «сила очей»), убивши фактично колишню учасницю Акацукі Конан. На сторону Акацукі також пристає Якуші Кабуто, колишній учень Орочімару, який зазнав мутації тіла внаслідок паразитуючих клітин уже мертвого учителя, які сам Кабуто собі і пересадив. Також Кабуто вдосконалив техніку Другого Хокаге Тобірами Сенджу — Едо Тенсей (Нечестиве воскресіння). Починаються бої між сторонами: на стороні Акацукі б'ються численні клони Зецу і призвані Якуші Кабуто за допомогою Едо Тенсей померлі ніндзя, а на стороні альянсу — шинобі п'яти країн. Тим часом, воскреслі члени Акацукі — Дейдара і Сасорі під контролем того таки Кабуто, нападають на острів-черепаху, аби захопити Восьмихвостого і Дев'ятихвостого . Це їм не вдалося, але у полон потрапив капітан Ямато. Трохи згодом, ще один член Акацукі — Кісаме Хошігакі вступає в бій з Майто Гаєм, але зазнає поразки і не бажаючи потрапити в полон, вчинив самогубство. Наруто і Кіллер Бі покидають острів і відправляються на війну. В той самий час всі п'ять каге, лідери селищ, б'ються проти призваного Кабуто другого Мідзукаге і Мадари Учіхи. Всі здивовані — хто ж тоді ховається під маскою Тобі (адже він називав себе Мадарою Учіхою)? Наруто вступає в бій з воскреслим Третім Райкаге, який був відомим своєю надлюдської витривалістю. Поговоривши з Восьмихвостим, який колись бився з Третім Райкаге, Наруто вигадав тактику для бою. Дотримуючись її, хлопець зумів ранити воскреслого. Не гаючи ні хвилини, Третього Райкаге було запечатано . Одразу Наруто вирушив до Бі . У бою з Мадарою, усі 5 Каге зазнали дуже важких поранень . Перебуваючи на межі життя та смерті, Цунаде викликає Кацую, яка починає заліковувати рани лідерів селищ. До Цунаде прибуває Орочімару разом з командою Така (без Саске) . Він допомагає Цунаде і решта Каге, а затім відправляється до свого сховища. Там він воскрешає чотирьох Хокаге, які відправляються на поле бою. Наруто і Бі вступають в бій з Тобі (вже з ріннеганом і в новій масці та одязі) і його «новими шляхами Пейна» — шістьма поверненими до життя джінчурікі. Бі перетворюється на Восьмихвостого, а Наруто входить в Режим Чакри Дев'ятихвостого, яким оволодів на острові-черепасі. До двох джінчурікі приєднуються Какасі та Гай. У бою Наруто звільнює від контролю Тобі шістьох Біджу і дізнається всі їхні імена. Тобі одразу запечатує всіх Біджу в Гедо Мазо. Невдовзі до нього приєднується Мадара. Наруто вдається розбити маску Тобі . Ним виявився друг дитинства Какасі — Обіто Учіха . Він розповідає, що його врятував Мадара і залишив інструкції для його воскресіння . На запитання Какасі, як він став таким, Обіто відповів, через смерть Рін — дівчини в яку він був закоханий. Обіто і Мадара запечатали частини чакри Гьюкі і Курами в Гедо Мазо, завдяки чому змогли воскресити Десятихвостого (Джубі). Четверо Хокаге утворили бар'єр, аби захистити Альянс. Завдяки бар'єру вони відбили одну з Бомб Хвостатого (Біджудам). Згодом Обіто стає джінчурікі Десятихвостого і отримує неймовірну силу. У битві, Саске та Наруто вдається завдати сильного удару Обіто, втім бажаного результату це не принесло. Згодом, джінчурікі Десятихвостого стає Мадара. З ним у бій вступає Майто Гай, який відкрив 8 Ворота Смерті. Після бою, тіло Гая почало розсипатися, але Наруто встиг врятувати джоуніна Конохи від смерті. Саске і Наруто продовжують битву з Мадарою. Під час битви, Мадара витягнув з Наруто Кураму. Обіто, який перейшов на бік Альянсу переніс в Камуї Сакуру і Наруто. Запечатавши в Наруто іншу половину Курами, Обіто врятував йому життя і переніс на поле бою. Тоді, Чорному Зецу вдається заволодіти тілом Обіто, і він разом з Джінчурікі Десятихвостого повертається в реальний світ. Після короткою сутички з командою № 7 , Мадарі вдається активувати Вічне Цукуйомі . Але вияснюється, що Чорний Зецу — втілення волі Каґуї Оуцуцукі, і використавши тіло Мадари він воскрешає свою «матір». Згодом, Наруто і Саске в своїй свідомості зустрічаються з Хаґоромо Оуцуцукі — Мудрецем Шести Шляхів, а також сином Кагуї . Він наділяє хлопців новою силою — Наруто — Режим Мудреця Шести Шляхів і печаттю Сонця, а Саске — Ріннеґаном і печаттю Місяця. Каґуя починає битву з Командою № 7 та Обіто. Переміщуючи їх поміж вимірами, Каґуя загнала героїв в глухий кут. У вимірі сильної гравітації Обіто захищаючи Какасі, загинув. Залишивши свою чакру і Какасі, Обіто дав можливість своєму другові використовувати два Мангекью Шарінгана, а також Абсолютне Сусаноо. Завдяки командній роботі, Команді № 7 вдається запечатати Кагую, тим самим завершити війну. Завершується манга весіллям Наруто і Хінати. У Хінати та Наруто народилося двоє дітей — син Боруто та дочка Хімаварі, у Сакури та Саске — дочка Сарада, у Іно та Сая — син Іноджин, у Рока Лі — син Метал Лі. Саме діти головних героїв аніме та манги «Наруто» стали головними героями аніме та манги «Боруто».